วัสดุ ที่ละลายช่วงเวลาของวันฤดูกาลและละติจูดล้วนส่งผลต่อความสามารถของแสงในการผ่านน้ำในทะเลสาบ แสงและลมส่งผลต่ออุณหภูมิในทะเลสาบ แสงแดดทำให้น้ำอุ่นและลมทำให้เย็นลง ทะเลสาบส่วนใหญ่ผ่านกระบวนการที่เรียกว่าการแบ่งชั้นด้วยความร้อน การแบ่งชั้นตามความร้อนหมายถึงชั้นหลักสามชั้นของทะเลสาบ ซึ่งแต่ละชั้นมีช่วงอุณหภูมิที่ แตกต่างกัน ชั้นที่ตื้นที่สุดของทะเลสาบคือชั้นเอพิลิมเนียน ชั้นกลางของมันคือ เมทัลลิเนียนหรือเทอร์โมไคลน์ ชั้นที่ลึกที่สุดคือไฮโปลิมเนียน สารเคมี ที่ สำคัญที่สุดในทะเลสาบคือไนโตรเจนและฟอสฟอรัส สารเคมีเหล่านี้ช่วยให้พืชและสาหร่ายที่อุดมด้วยสารอาหารเติบโตได้ สิ่งมี ชีวิตอื่นๆ กินพืชและสาหร่าย เหล่านี้ ทำให้เกิด ระบบนิเวศที่ซับซ้อนและสมบูรณ์ เคมีของ ทะเลสาบปิเนล ได้รับผลกระทบจาก กระบวนการทางชีววิทยา ธรณีวิทยา และมนุษย์ ความสมดุลของสารอาหารอาจเปลี่ยนแปลงไปตามปรากฏการณ์ ทางชีววิทยา เช่น " การผลิบานของสาหร่าย " เมื่อสาหร่ายขยายพันธุ์อย่างรวดเร็วป้องกันไม่ให้สารอาหารใดๆลงไปถึงใต้พื้นผิวทะเลสาบ กระบวนการทางธรรมชาติ เช่นการระเบิดของภูเขาไฟ ในบริเวณใกล้เคียง สามารถเปลี่ยนแปลงลักษณะทางเคมีของทะเลสาบได้โดยการเติมก๊าซหรือแร่ธาตุ ใหม่ๆ มลพิษเช่นการแนะนำของสารเคมี ที่เป็นพิษจากอุตสาหกรรมหรือการเกษตรอาจส่งผลต่อเคมีของทะเลสาบ ได้เช่นกัน ปริมาณออกซิเจนและ ระดับ ค่า pH ยังส่งผลต่อคุณสมบัติทางเคมีของทะเลสาบ อีกด้วย ทะเลสาบต้องมีออกซิเจน ในปริมาณที่ดี ต่อ สุขภาพ ในการดำรงชีวิต ทะเลสาบที่ไม่มีออกซิเจน เพียงพอ ในการดำรงชีวิตนั้นไม่มีชีวิต ระดับpH เป็นคุณสมบัติทางเคมีของสารทั้งหมด ค่า pH ของสารบ่งชี้ว่าเป็นกรดหรือเบส