ปกติไข่จะวางห่างกันหนึ่งถึงสี่วัน นกฮูกตัวเมียนั่งบนไข่เพื่อให้ความอบอุ่น สิ่งนี้เรียกว่าการบ่มเพาะ นกฮูกตัวเมียเท่านั้นที่ฟักไข่ ในช่วงระยะฟักไข่ ตัวเมียจะสูญเสียขนที่ท้องเพื่อถ่ายเทความร้อนจากร่างกายไปยังไข่มากขึ้น เธอกดผิวหนังเปล่าอุ่นๆ หรือแผ่นกกไข่กับไข่ เธอนอนบนรังในท่าฟักไข่โดยให้หัวของเธออยู่ต่ำและท้องลง ทำให้ไข่อุ่นตลอดเวลา ลูก นกเค้ากู่ ที่เรียกว่านกเค้าแมวหรือลูกนกจะฟักไข่หลังจากวางไข่ 3 ถึง 5 สัปดาห์ขึ้นอยู่กับสายพันธุ์ เนื่องจากไข่ถูกวางในวันที่แตกต่างกัน โดยทั่วไปแล้วตัวเมียจะเริ่มฟักไข่พร้อมกับไข่ใบแรก และไข่จะฟักตามลำดับที่วางไข่ สิ่งนี้เรียกว่าการฟักไข่แบบอะซิงโครนัส ซึ่งส่งผลให้ลูกนกอายุต่างกันภายในรังเดียวกัน ลูกนกตัวแรกที่ฟักออกเป็นตัวอาจมีอายุมากกว่าตัวสุดท้ายที่ฟักออกมาหนึ่งถึงสองสัปดาห์ เมื่อลูกนกฮูกฟักไข่ พวกมันจะถูกปกคลุมด้วยขนปุยสีขาวและตาจะปิด หลายวันหลังจากฟักไข่ ตาของพวกมันจะเปิดขึ้นและขนปุยสีขาวจะถูกแทนที่ด้วยสีเข้ม ซึ่งมักเป็นสีเทาหรือสีน้ำตาล เมื่อตัวเมียนั่งอยู่บนรังของลูกไก่ที่ฟักออกมา จะเรียกว่าการกกไข่ ในช่วงสองสามสัปดาห์แรกของชีวิตลูกนกทำอะไรไม่ถูก พวกเขาไม่สามารถมองเห็น บิน หรือควบคุมอุณหภูมิ (รักษาอุณหภูมิร่างกายของตัวเอง) แม่ของพวกมันจะเลี้ยงดูพวกมันโดยดูแลพวกมันให้ปลอดภัยภายใต้และรอบๆ ตัวมันในรัง