พารามิเตอร์ทางกายภาพที่แตกต่างกัน เช่น สี ค่า pH กิจกรรมของเอนไซม์ ปริมาณเถ้า การนำไฟฟ้า และแม้กระทั่งรสชาติของน้ำผึ้งจะแตกต่างกันไปตามสายพันธุ์ของผึ้ง แหล่งกำเนิดทางภูมิศาสตร์ และการมีอยู่ของสิ่งเจือปน (Terrab et al., 2003) สีของน้ำ ผึ้ง มีตั้งแต่สีเหลืองอ่อนไปจนถึงสีแดงเข้มจนถึงสีดำ ขึ้นอยู่กับแหล่งที่มาของพืช ความมืดส่วนใหญ่เกิดขึ้นเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิ (Lawal et al., 2009) แนวโน้มของการเกิดเม็ดเป็นลักษณะของน้ำผึ้งซึ่งทำให้แตกต่างจากสารให้ความหวานอื่นๆ