ลักษณะทางพันธุกรรมขนาดใหญ่โดยใช้เครื่องหมาย DNA นั้นห่างไกลจากมะตูม นอกจากนี้ ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ ลักษณะที่แท้จริงของมะตูมที่เลี้ยงในเนื้อเยื่อได้รับการยืนยันโดยใช้เครื่องหมาย DNA โพลีมอร์ฟิก แบบสุ่มขยายขนาด, OPA2 และเครื่องหมายทำซ้ำลำดับระหว่างกันอย่างง่าย ลายพิมพ์ DNA ที่ใช้ MP2 นายัค และคณะ ใช้เครื่องหมาย RAPD ในการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของชุดเชื้อพันธุกรรมมะตูมที่เลือก และเป็นการศึกษาเดียวที่ตีพิมพ์เกี่ยวกับลักษณะเฉพาะทางโมเลกุลของเชื้อพันธุกรรม มะตูม เนื่องจากเครื่องหมาย RAPD ไม่แข็งแกร่งนักในการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรม จึงไม่ได้ใช้ในการศึกษาความหลากหลายระดับโมเลกุลในปัจจุบัน ดังนั้นจึงจำเป็นต้องมีความพยายามในการประเมินความหลากหลายของโมเลกุลโดยละเอียดโดยใช้เครื่องหมาย DNA ที่แข็งแกร่ง เช่น ไมโครแซทเทลไลท์และ SNP การใช้ลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่ใช้เครื่องหมายโมเลกุลเป็นสิ่งสำคัญสำหรับเชื้อพันธุ์มะตูมในการทำความเข้าใจเหตุการณ์การเลี้ยง กำหนดขนาดประชากรที่มีประสิทธิผลสำหรับการอนุรักษ์ เพื่อติดแท็กพันธุ์ที่เหนือกว่าอย่างแม่นยำสำหรับการขยายพันธุ์โคลนขนาดใหญ่ และจัดทำแผนที่ยีนและตำแหน่งลักษณะเชิงปริมาณ (คิวทีแอล)